شانزده سال پیش، یک نینجای مرموز با ماسک یک موجود قدرتمند به نام روباه شیطانی نه‌دم را بر روی روستای کونوها آزاد می‌کند و بسیاری از مردم را می‌کشد. در پاسخ، چهارمین هوکاگه، میناتو نامیکازه و همسرش، کوشینا اوزوماکی، که زندانی زنده روباه شیطانی یا جینچوریکی است، موفق می‌شوند این موجود را درون پسر نوزادشان، ناروتو اوزوماکی، مهر و موم کنند. با مهر و موم شدن موجود، اوضاع به حالت عادی ادامه یافت. اما در روزهای حاضر، صلح به پایان رسید وقتی که گروهی از نینجا به نام آکاتسکی تحت هدایت توبی، مرد مرموز پشت حمله روباه سال‌ها پیش، به کونوها حمله کردند و قصد دارند نقشه خود را برای تسلط بر جهان با پوشاندن آن در توهمات اجرا کنند.